EU:n lähestymistapa mikrobilääkkeiden käyttöön eläimillä perustuu pääasiassa tiukkoihin sääntelytoimenpiteisiin, jotka on sisällytetty eläinlääkkeistä 11. joulukuuta 2018 annettuun Euroopan parlamentin ja neuvoston asetukseen (EU) 2019/6 ja eläinlääkkeiden antamisesta erityisesti lääkerehun kautta 11. joulukuuta 2018 annettuun Euroopan parlamentin ja neuvoston asetukseen (EU) 2019/4. EU:n sääntelykehyksessä kielletään antibioottien käyttö kasvun edistämiseen tai tuotoksen lisäämiseen. Kaikkien mikrobilääkkeiden käyttö edellyttää eläinlääkemääräystä eläinlääkärin kliinisen tutkimuksen tai muun asianmukaisen arvioinnin perusteella. Tiettyjä mikrobilääkkeitä ei voida käyttää eläimillä, koska ne on varattu tiettyjen ihmisillä esiintyvien infektioiden hoitoon. Antibioottien ennaltaehkäisevä käyttö on sallittua vain yksittäiselle eläimelle poikkeustapauksissa ja tarkoin määritellyissä olosuhteissa. Lisäksi EU:n tasolla perustetaan lääketurvajärjestelmä, jossa jäsenvaltiot, komissio, Euroopan lääkevirasto ja myyntiluvan haltijat tekevät yhteistyötä luvan saaneiden eläinlääkkeiden turvallisuuteen ja tehoon liittyvien tehtävien suorittamiseksi.
Elintarviketuotantoeläimille, myös elintarviketuotantoon käytettäville vesieläimille, tarkoitettujen eläimille tarkoitettujen mikrobilääkkeiden myyntiä EU:ssa on seurattu vapaaehtoisesti vuoteen 2022 asti. Vuodesta 2023 lähtien myyntiä on seurattu uudessa oikeudellisesti sitovassa järjestelmässä. Näiden tietojen avulla seurataan edistymistä kohti tavoitetta vähentää tuotantoeläimille ja vesiviljelyssä käytettävien mikrobilääkkeiden kokonaismyyntiä EU:ssa 50 prosenttia vuoteen 2030 mennessä vuoteen 2018 verrattuna (https://eur-lex.europa.eu/resource.html?uri=cellar:ea0f9f73-9ab2-11ea-9…). Vuodesta 2026 alkaen jäsenvaltioiden on kerättävä tietoja mikrobilääkkeiden käytöstä eväkaloilla luokittain (Atlantin lohi, kirjolohi, kultaotsasarvi, meribassi, karppi). Näiden mikrobilääkkeiden käyttöä koskevien tietojen olisi muodostettava perusta mikrobilääkeresistenssin torjumiseksi toteutettavien kohdennettujen toimenpiteiden määrittelylle.
Kestävämpää ja kilpailukykyisempää EU:n vesiviljelyä koskevissa strategisissa suuntaviivoissa vuosiksi 2021–2030 korostetaan tarvetta vähentää antibioottiriippuvuutta parantamalla kotieläintalouden käytäntöjä. Nämä käytännöt, joilla pyritään edistämään eläinten hyvinvointia ja sairauksien ehkäisyä, ovat ratkaisevan tärkeitä antibioottien käyttöön liittyvien riskien lieventämiseksi ja antibioottien väärinkäytön estämiseksi samalla kun ne ovat yhdenmukaisia sekä ympäristöön että kansanterveyteen liittyvien tavoitteiden kanssa.
Heinäkuussa 2022 komissio ja jäsenvaltiot määrittelivät mikrobilääkeresistenssin yhdeksi kolmesta tärkeimmästä terveysuhkasta. Jäsenvaltioiden yhteinen terveys -toimintasuunnitelmista mikrobilääkeresistenssin torjumiseksi julkaistiin kattava raportti (https://health.ec.europa.eu/publications/overview-report-member-states-…) (yhteinen terveys -kysymys, joka tarkoittaa, että se kattaa ihmisten terveyden, eläinten terveyden, kasvien terveyden ja ympäristön. Se on monitahoinen rajatylittävä terveysuhka, johon yksi ala tai yksittäiset maat eivät voi puuttua yksin).
Euroopan komissio hyväksyi 26. huhtikuuta 2023 ehdotuksen neuvoston suositukseksi mikrobilääkeresistenssin torjumiseksi toteutettavien EU:n toimien tehostamisesta yhteinen terveys -lähestymistavan mukaisesti. Siinä jäsenvaltioita kannustetaan toteuttamaan toimenpiteitä elintarviketuotantoeläinten, kuten viljeltyjen kalojen, terveyden ja hyvinvoinnin parantamiseksi, jotta voidaan vähentää tartuntatautien esiintymistä ja leviämistä maataloudessa ja siten vähentää mikrobilääkkeiden käytön tarvetta. Neuvosto hyväksyi 13. kesäkuuta 2023 suosituksen mikrobilääkeresistenssin torjumiseksi toteutettavien EU:n toimien tehostamisesta yhteinen terveys -lähestymistavan avulla (https://health.ec.europa.eu/publications/council-recommendation-steppin…). Suosituksilla pyritään edistämään mikrobilääkkeiden maltillista käyttöä asettamalla konkreettisia tavoitteita mikrobilääkeresistenssille ja mikrobilääkkeiden käytölle ihmisten terveyden alalla. Ne myös kannustavat jäsenvaltioita toteuttamaan toimenpiteitä elintarviketuotantoeläinten, kuten viljeltyjen kalojen, terveyden ja hyvinvoinnin parantamiseksi, jotta voidaan vähentää tartuntatautien esiintymistä ja leviämistä maataloudessa ja siten vähentää mikrobilääkkeiden käytön tarvetta.
Kuten mikrobilääkeresistenssin torjumiseksi toteutettavien EU:n toimien tehostamisesta yhteinen terveys -lähestymistavan avulla annetun suosituksen 8 ja 9 kohdassa mainitaan, jotkin strategiat antibioottien käytön vähentämiseksi vesiviljelyssä ovat seuraavat: I) tartuntatautien ehkäisy- ja torjuntatoimenpiteiden toteuttaminen; bioturvaamistoimenpiteiden hyväksyminen kalanviljelylaitoksissa, mikä on toimijoiden velvollisuus tarttuvista eläintaudeista sekä tiettyjen eläinterveyttä koskevien säädösten muuttamisesta ja kumoamisesta 9 päivänä maaliskuuta 2016 annetun Euroopan parlamentin ja neuvoston asetuksen (EU) 2016/429 (eläinterveyssäännöstö) 10 artiklan mukaisesti; edistetään vesiviljelyn jalostustekniikoita taudeille vastustuskykyisten kantojen kehittämiseksi; rokotusten ja vaihtoehtojen käytön edistäminen tiettyjen tautien ehkäisemiseksi (rokotteet tarjoavat kohdennetun immuniteetin tiettyjä patogeenejä vastaan; niihin liittyy kuitenkin haasteita, kuten lajikohtaisia rajoituksia). v) innovatiivisten rehun lisäaineiden kehittämisen ja käytön edistäminen, mukaan lukien rehun lisäaineet eläinten fysiologisen tilan parantamiseksi, kuten hyönteispohjaiset rehut (rehut sisältävät runsaasti proteiinia, kitiiniä ja bioaktiivisia yhdisteitä (esim. lauriinihappoa), jotka voivat lisätä suolistomikrobien monimuotoisuutta, parantaa tautien vastustuskykyä ja vähentää riippuvuutta kalajauhosta), probiootteja (probioottiset aineet), esimerkiksi bacillus ja lactobacillus lisäävät immuniteettia, kasvua ja stressinsietokykyä patogeenejä torjuttaessa), prebiootit (prebiootit, esim. fructooligosakkaridit (FOS) ja mannanoligosakkaridit (MOS) stimuloivat valikoivasti hyödyllisiä suolistobakteereja, mikä parantaa ravinteiden imeytymistä ja immuunivastetta) ja symbioottisia (joissa yhdistyvät probioottiset ja prebioottiset aineet, synergisti parantavat tautien vastustuskykyä, suolistomorfologiaa ja mikrobiologista tasapainoa); VI) varmistetaan koko kalanviljelylaitoksen henkilöstön jatkuva koulutus infektioiden ehkäisyä ja torjuntaa sekä bioturvallisuutta koskevasta tietämyksestä (myös asetuksen (EU) 2016/429 11 artiklan mukaisesti); VII) asianmukaisen lietteenkäsittelyn varmistaminen sairauksien ja muiden patogeenien ehkäisemiseksi.
Nämä vaihtoehtoiset strategiat ovat FAO:n ja WHO:n suuntaviivojen mukaisia. Niillä edistetään ympäristöystävällisiä vesiviljelykäytäntöjä, jotka edistävät kalojen terveyttä, minimoivat jätteen syntymistä ja vähentävät ympäristöhaittoja.
EU:n sääntelykehyksen vahvistamiseksi jäsenvaltiot panevat täytäntöön vesiviljelyä koskevia monivuotisia kansallisia strategiasuunnitelmia, joihin sisältyy mikrobilääkeresistenssin vähentämistavoitteita ja joita tuetaan usein Euroopan meri-, kalatalous- ja vesiviljelyrahaston (EMKVR) rahoituksella. Näiden suunnitelmien tarkoituksena on parantaa bioturvallisuutta, edistää rokotusohjelmia ja edistää investointeja vaihtoehtoisiin hoitomuotoihin.
EU rahoittaa myös mikrobilääkeresistenssiin liittyviä hankkeita vesiviljelyalalla (Horisontti Eurooppa ja EMKVR). Esimerkiksi Cure4Aqua, jossa keskitytään kehittämään biopohjaisia vaihtoehtoja antibiooteille ja NeoGiANTille, jossa maatalouden sivutuotteita arvostetaan luonnollisiksi mikrobilääkkeiksi.