Kaip ir bet kokia ekonominė veikla, akvakultūra daro poveikį aplinkai. Tai priklauso nuo veiklos valdymo kokybės, vietos ir gamybos sistemos tinkamumo. Tinkamai valdoma akvakultūra taip pat gali būti baltymų gamybos metodas, kurio anglies ir aplinkosauginis pėdsakas yra mažesnis nei kitų ūkininkavimo būdų. Be to, tinkamai valdoma tam tikrų formų akvakultūra (pvz., moliuskų auginimas, akvakultūra tvenkiniuose ir šlapynėse, dumblių ir kitų bestuburių auginimas) gali teikti daug ekosisteminių paslaugų, Pvz., absorbuoti maisto ir organinių medžiagų perteklių iš aplinkos arba išsaugoti ir atkurti ekosistemas ir biologinę įvairovę.
ES aplinkos teisės aktais ir įgyvendinimo nacionalinės teisės aktais nustatyta ES akvakultūros reglamentavimo sistema, kuria užtikrinama, kad būtų mažinamas poveikis, kurį akvakultūros veikla gali daryti aplinkai (neatsižvelgiant į anglies pėdsaką, nuotekas, atliekas ar kitokį poveikį jūrų ir gėlo vandens ekosistemoms), ir kad akvakultūros veikla nedaro didelės žalos ekosistemoms ar biologinei įvairovei.
Vis dėlto ES akvakultūros sektoriaus aplinkosauginį veiksmingumą galima dar labiau pagerinti: I) užtikrinti, kad aplinkos teisės aktai būtų visapusiškai taikomi ir būtų pasiekti jų tikslai; II) toliau švelninti akvakultūros poveikį; ir iii) skatinant mažesnį poveikį aplinkai darančią akvakultūrą ir ekosistemines paslaugas teikiančią akvakultūrą.
„Darnesnės ir konkurencingesnės ES akvakultūros 2021–2030 m. strateginėmis gairėmis“ siekiama pagerinti akvakultūros sektoriaus aplinkosauginį veiksmingumą toliau ribojant akvakultūros poveikį, taip pat skatinant aplinkai ir klimatui naudingiausius akvakultūros tipus, pavyzdžiui, mažai trofinę akvakultūrą ir ekologinę akvakultūrą.