Akvakultūra, tāpat kā jebkura saimnieciskā darbība, ietekmē vidi. Tas ir atkarīgs no darbības vadības kvalitātes, atrašanās vietas piemērotības un ražošanas sistēmas. Pareizi pārvaldīta, akvakultūra var kļūt arī par proteīna ražotāju, kam raksturīga mazāka oglekļa un vidiskā pēda nekā citiem lauksaimniecības sektoriem. Bez tam dažu veidu akvakultūra (piemēram, gliemju audzēšana, dīķu un mitrāju akvakultūra un aļģu un citu bezmugurkaulnieku audzēšana), ja to pienācīgi pārvalda, spēj piedāvāt daudzus ekosistēmas pakalpojumus. Šo pakalpojumu vidū var būt lieko barības vielu un organisko vielu absorbēšana no vides vai ekosistēmu un biodaudzveidības saglabāšana un atjaunošana.
ES vides tiesību aktos un valstu īstenošanas tiesību aktos ir noteikts ES akvakultūras tiesiskais regulējums, kas nodrošina, ka tiek mazināta akvakultūras darbību iespējamā ietekme uz vidi (oglekļa pēdas, notekūdeņu, atkritumu vai citas ietekmes uz jūras un saldūdens ekosistēmām ziņā), un ka akvakultūras darbības būtiski nekaitē ekosistēmām vai bioloģiskajai daudzveidībai.
Tomēr ES akvakultūras nozares vidisko sniegumu var vēl vairāk uzlabot: nodrošināt vides tiesību aktu pilnīgu piemērošanu un to mērķu sasniegšanu; II) akvakultūras ietekmes turpmāka mazināšana; un, treškārt, attīstot tādu akvakultūru, kas mazāk ietekmē vidi un nodrošina ekosistēmu pakalpojumus.
“Stratēģisko vadlīniju ilgtspējīgākai un konkurētspējīgākai ES akvakultūrai 2021.–2030. gada periodam” mērķis ir uzlabot akvakultūras nozares vidisko sniegumu, vēl vairāk ierobežojot akvakultūras ietekmi, kā arī veicinot videi un klimatam vislabvēlīgākos akvakultūras veidus, piemēram, zema trofiskā akvakultūru un bioloģisko akvakultūru.