Ligesom enhver økonomisk aktivitet har akvakultur en indvirkning på miljøet. Dette afhænger af kvaliteten af forvaltningen af aktiviteten, lokalitetens egnethed og produktionssystemet. Når akvakultur forvaltes korrekt, kan den også være en metode til proteinproduktion med et lavere CO2- og miljøaftryk end andre typer landbrug. Desuden kan visse former for akvakultur (f.eks. opdræt af bløddyr, akvakultur i damme og vådområder og opdræt af alger og andre hvirvelløse dyr), når de forvaltes hensigtsmæssigt, tilbyde mange økosystemtjenester. Disse tjenester omfatter absorption af overskydende næringsstoffer og organisk materiale fra miljøet eller bevarelse og genopretning af økosystemer og biodiversitet.
EU's miljølovgivning og national gennemførelseslovgivning har fastsat de lovgivningsmæssige rammer for EU's akvakultur, der sikrer afbødning af den indvirkning, som akvakulturaktiviteter kan have på miljøet (hvad enten det drejer sig om CO2-fodaftryk, spildevand, affald eller andre indvirkninger på hav- og ferskvandsøkosystemer), og at akvakulturaktiviteter ikke i væsentlig grad skader økosystemer eller biodiversitet.
EU's akvakultursektors miljøpræstationer kan ikke desto mindre forbedres yderligere ved at: i) sikre, at miljølovgivningen anvendes fuldt ud, og at dens mål opfyldes II) yderligere afbødning af virkningerne af akvakultur og iii) fremme akvakultur med lavere miljøpåvirkning og akvakultur, der leverer økosystemtjenester.
De strategiske retningslinjer for en mere bæredygtig og konkurrencedygtig akvakultur i EU for perioden 2021-2030 har til formål at forbedre akvakultursektorens miljøpræstationer ved yderligere at begrænse virkningerne af akvakultur samt fremme de typer akvakultur, der er mest gavnlige for miljøet og klimaet, såsom lavtrofisk akvakultur og økologisk akvakultur.