Tal como qualquer atividade económica, a aquicultura tem impacto no ambiente. Tal depende da qualidade da gestão da atividade, da adequação da localização e do sistema de produção. Quando gerida de forma adequada, a aquicultura pode igualmente constituir um método de produção de proteínas com uma pegada de carbono e ambiental mais baixa do que outros tipos de cultura. Além disso, determinadas formas de aquicultura (por exemplo, a criação de moluscos, a aquicultura em tanques e em zonas húmidas, a cultura de algas e de outros invertebrados), quando geridas de forma adequada, podem prestar muitos serviços ecossistémicos. Estes serviços incluem a absorção do excesso de nutrientes e de matéria orgânica do ambiente ou a conservação e o restabelecimento dos ecossistemas e da biodiversidade.
A legislação ambiental da UE e a legislação nacional de execução estabeleceram o quadro regulamentar para a aquicultura da UE que assegura a atenuação do impacto que as atividades aquícolas podem ter no ambiente (seja em termos de pegada de carbono, efluentes, resíduos ou outros impactos nos ecossistemas marinhos e de água doce) e que as atividades aquícolas não prejudicam significativamente os ecossistemas ou a biodiversidade.
O desempenho ambiental do setor da aquicultura da UE pode, no entanto, ser melhorado: I) assegurar a plena aplicação da legislação ambiental e o cumprimento dos seus objetivos; II) continuar a atenuar o impacto da aquicultura; promovendo a aquicultura com um menor impacto ambiental e a aquicultura que presta serviços ecossistémicos.
As «Orientações estratégicas para uma aquicultura na UE mais sustentável e competitiva para o período de 2021 a 2030» visam melhorar o desempenho ambiental do setor aquícola, limitando ainda mais o impacto da aquicultura e promovendo os tipos de aquicultura mais benéficos para o ambiente e o clima, como a aquicultura de baixo nível trófico e a aquicultura biológica.