Ca orice activitate economică, acvacultura are un impact asupra mediului. Acest lucru depinde de calitatea gestionării activității, de caracterul adecvat al amplasamentului și al sistemului de producție. Atunci când este gestionată în mod corespunzător, acvacultura poate fi, de asemenea, o metodă de producție a proteinelor cu o amprentă de carbon și de mediu mai mică decât alte tipuri de creștere. În plus, anumite forme de acvacultură (de exemplu, creșterea moluștelor, acvacultura în iazuri și zone umede și creșterea algelor și a altor nevertebrate), atunci când sunt gestionate în mod corespunzător, pot oferi numeroase servicii ecosistemice. Aceste servicii includ absorbția excesului de nutrienți și de materie organică din mediu sau conservarea și refacerea ecosistemelor și a biodiversității.
Legislația UE în domeniul mediului și legislația națională de punere în aplicare au stabilit cadrul de reglementare pentru acvacultura din UE care asigură atenuarea impactului pe care activitățile de acvacultură îl pot avea asupra mediului (fie în ceea ce privește amprenta de carbon, efluenții, deșeurile sau alte efecte asupra ecosistemelor marine și de apă dulce), precum și faptul că activitățile de acvacultură nu dăunează în mod semnificativ ecosistemelor sau biodiversității.
Cu toate acestea, performanța de mediu a sectorului acvaculturii din UE poate fi îmbunătățită în continuare prin: (I) asigurarea aplicării integrale a legislației de mediu și a îndeplinirii obiectivelor acesteia; (II) atenuarea în continuare a impactului acvaculturii; și (iii) promovarea acvaculturii cu impact mai redus asupra mediului și a acvaculturii care oferă servicii ecosistemice.
„Orientările strategice pentru o acvacultură mai sustenabilă și mai competitivă în UE pentru perioada 2021-2030” vizează îmbunătățirea performanței de mediu a sectorului acvaculturii prin limitarea în continuare a impactului acvaculturii, precum și prin promovarea tipurilor de acvacultură care sunt cele mai benefice pentru mediu și climă, cum ar fi acvacultura trofică scăzută și acvacultura ecologică.