Come qualsiasi attività economica, l'acquacoltura ha un impatto sull'ambiente. Ciò dipende dalla qualità della gestione dell'attività, dall'adeguatezza dell'ubicazione e dal sistema di produzione. Se gestita correttamente, l'acquacoltura può consentire la produzione di proteine con una minore impronta ambientale e di carbonio rispetto ad altri tipi di allevamento. Alcune tipologie di acquacoltura (quali la molluschicoltura, l'acquacoltura in stagni e nelle zone umide, l'alghicoltura e l'allevamento di altri invertebrati), se adeguatamente gestite, possono inoltre offrire numerosi servizi ecosistemici. Tali servizi comprendono l'assorbimento dall'ambiente di nutrienti e sostanze organiche in eccesso oppure la conservazione e il ripristino di ecosistemi e della biodiversità.
La legislazione ambientale dell'UE e la legislazione nazionale di attuazione hanno definito il quadro normativo per l'acquacoltura dell'UE che garantisce la mitigazione dell'impatto che le attività di acquacoltura possono avere sull'ambiente (in termini di impronta di carbonio, effluenti, rifiuti o altri impatti sugli ecosistemi marini e di acqua dolce) e che le attività di acquacoltura non danneggiano in modo significativo gli ecosistemi o la biodiversità.
Le prestazioni ambientali del settore dell'acquacoltura dell'UE possono tuttavia essere ulteriormente migliorate: i) garantire la piena applicazione della legislazione ambientale e il conseguimento dei suoi obiettivi; II) attenuare ulteriormente l'impatto dell'acquacoltura; e iii) promuovendo l'acquacoltura con un minore impatto ambientale e l'acquacoltura che fornisce servizi ecosistemici.
Gli "Orientamenti strategici per un'acquacoltura dell'UE più sostenibile e competitiva per il periodo 2021-2030" mirano a migliorare le prestazioni ambientali del settore dell'acquacoltura limitando ulteriormente l'impatto dell'acquacoltura e promuovendo i tipi di acquacoltura più vantaggiosi per l'ambiente e il clima, come l'acquacoltura a basso livello trofico e l'acquacoltura biologica.