Както всяка икономическа дейност, аквакултурата оказва въздействие върху околната среда. Това зависи от качеството на управлението на дейността, пригодността на местоположението и производствената система. При подходящо управление отглеждането на аквакултури може също така да бъде метод за производство на белтъци с по-ниски емисии на въглероден диоксид и отпечатък върху околната среда в сравнение с други видове стопанства. Освен това, ако се управляват по подходящ начин, определени форми на аквакултури (например отглеждането на мекотели, аквакултурите в езера и влажни зони и отглеждането на водорасли и други безгръбначни) могат да осигурят екосистемни услуги. Тези услуги включват поглъщането на излишни хранителни и органични вещества от околната среда или опазването и възстановяването на екосистемите и биологичното разнообразие.
Законодателството на ЕС в областта на околната среда и националното законодателство за прилагане определят регулаторната рамка за аквакултурите в ЕС, която гарантира смекчаване на въздействието, което дейностите, свързани с аквакултурите, могат да окажат върху околната среда (било то по отношение на въглеродния отпечатък, отпадъчните води, отпадъците или други въздействия върху морските и сладководните екосистеми), както и че дейностите, свързани с аквакултурите, не нанасят значителни вреди на екосистемите или биологичното разнообразие.
Въпреки това екологичните показатели на сектора на аквакултурите в ЕС могат да бъдат допълнително подобрени чрез: I) гарантиране, че законодателството в областта на околната среда се прилага изцяло и че неговите цели са постигнати; II) допълнително смекчаване на въздействието на аквакултурите; насърчаване на отглеждането на аквакултури с по-слабо въздействие върху околната среда и аквакултури, които осигуряват екосистемни услуги.
Стратегическите насоки за по-устойчив и конкурентоспособен сектор на аквакултурите в ЕС за периода 2021—2030 г. имат за цел да подобрят екологичните показатели на сектора на аквакултурите чрез допълнително ограничаване на въздействието на аквакултурите, както и чрез насърчаване на видовете аквакултури, които са най-полезни за околната среда и климата, като например слабите трофични аквакултури и биологичните аквакултури.