Net als elke economische activiteit heeft aquacultuur gevolgen voor het milieu. Dit hangt af van de kwaliteit van het beheer van de activiteit, de geschiktheid van de locatie en het productiesysteem. Als de aquacultuur goed wordt beheerd, kan zij ook een manier zijn om eiwitten te produceren met een lagere koolstof- en milieuvoetafdruk dan andere teelten. Bovendien kunnen bepaalde vormen van aquacultuur (bijvoorbeeld de teelt van weekdieren, aquacultuur in vijvers en wetlands en de teelt van algen en andere ongewervelde dieren), wanneer zij op passende wijze worden beheerd, tal van ecosysteemdiensten bieden. Deze diensten omvatten de absorptie van overtollige nutriënten en organisch materiaal uit het milieu of het behoud en herstel van ecosystemen en biodiversiteit.
De milieuwetgeving van de EU en de nationale uitvoeringswetgeving hebben het regelgevingskader voor de aquacultuur in de EU vastgesteld dat ervoor zorgt dat de gevolgen die aquacultuuractiviteiten kunnen hebben voor het milieu (koolstofvoetafdruk, effluenten, afval of andere effecten op mariene en zoetwaterecosystemen) worden beperkt en dat aquacultuuractiviteiten geen ernstige schade toebrengen aan ecosystemen of de biodiversiteit.
De milieuprestaties van de aquacultuursector in de EU kunnen niettemin verder worden verbeterd door: I) ervoor te zorgen dat de milieuwetgeving volledig wordt toegepast en de doelstellingen ervan worden verwezenlijkt; II) verdere beperking van de gevolgen van de aquacultuur; en iii) aquacultuur met een lagere milieu-impact en aquacultuur die ecosysteemdiensten levert, te bevorderen.
De “Strategische richtsnoeren voor een duurzamere en concurrerendere EU-aquacultuur voor de periode 2021-2030” hebben tot doel de milieuprestaties van de aquacultuursector te verbeteren door de impact van aquacultuur verder te beperken en de soorten aquacultuur te bevorderen die het meest gunstig zijn voor het milieu en het klimaat, zoals weinig trofische aquacultuur en biologische aquacultuur.