Nagu iga majandustegevus, mõjutab ka vesiviljelus keskkonda. See sõltub tegevuse juhtimise kvaliteedist, asukoha ja tootmissüsteemi sobivusest. Nõuetekohase haldamise korral võib vesiviljelus olla ka valgu tootmise meetod, millel on erinevalt teistest põllumajandusliku tootmise viisidest väiksem CO2- ja keskkonnajalajälg. Lisaks võivad teatud vesiviljeluse vormid (nt limusekasvatus, vesiviljelus tiikides ja märgaladel ning vetikate ja veeselgrootute kasvatus) nõuetekohase haldamise korral pakkuda mitmeid ökosüsteemiteenuseid. Nende teenuste alla kuuluvad liigsete toitainete ja orgaanilise aine absorptsioon keskkonnast või ökosüsteemide ja elurikkuse säilitamine ja taastamine.
ELi keskkonnaalaste õigusaktidega ja riiklike rakendusaktidega on kehtestatud ELi vesiviljeluse õigusraamistik, millega tagatakse, et leevendatakse mõju, mida vesiviljelustegevus võib avaldada keskkonnale (kas seoses CO2 jalajälje, heitvee, jäätmete või muu mõjuga mere- ja mageveeökosüsteemidele) ning et vesiviljelustegevus ei kahjusta märkimisväärselt ökosüsteeme ega elurikkust.
ELi vesiviljelussektori keskkonnatoimet saab siiski veelgi parandada, kui: tagada keskkonnaalaste õigusaktide täielik kohaldamine ja nende eesmärkide saavutamine; II) vesiviljeluse mõju edasine leevendamine; ning iii) edendada tuleb väiksema keskkonnamõjuga vesiviljelust ja ökosüsteemiteenuseid pakkuvat vesiviljelust.
ELi vesiviljeluse kestlikkuse ja konkurentsivõime suurendamise strateegiliste suuniste (2021–2030) eesmärk on parandada vesiviljelussektori keskkonnatoimet, piirates veelgi vesiviljeluse mõju ning edendades keskkonnale ja kliimale kõige kasulikumaid vesiviljelusliike, nagu vähese troofiline vesiviljelus ja mahevesiviljelus.