Wie jede wirtschaftliche Tätigkeit wirkt sich die Aquakultur auch auf die Umwelt aus. Dies hängt von der Qualität des Managements der Tätigkeit, der Eignung des Standorts und des Produktionssystems ab. Bei angemessener Bewirtschaftung kann die Aquakultur auch eine Methode für die Proteinerzeugung sein, deren CO2-Bilanz und ökologischer Fußabdruck besser ausfällt als bei anderen Arten der Tierhaltung. Darüber hinaus können bestimmte Formen der Aquakultur (z. B. Weichtierzucht, Aquakultur in Teichen und Feuchtgebieten sowie die Zucht von Algen und anderen wirbellosen Tieren) bei richtiger Bewirtschaftung viele Ökosystemleistungen bieten. Zu diesen Leistungen gehören die Aufnahme von überschüssigen Nährstoffen und organischem Material aus der Umwelt oder die Erhaltung und Wiederherstellung von Ökosystemen und der Biodiversität.
Mit den EU-Umweltvorschriften und den nationalen Durchführungsvorschriften wurde der Rechtsrahmen für die Aquakultur in der EU geschaffen, mit dem sichergestellt wird, dass die Auswirkungen von Aquakulturtätigkeiten auf die Umwelt (in Bezug auf den CO2-Fußabdruck, Abwässer, Abfälle oder andere Auswirkungen auf Meeres- und Süßwasserökosysteme) abgemildert werden und dass Aquakulturtätigkeiten die Ökosysteme oder die biologische Vielfalt nicht erheblich schädigen.
Die Umweltleistung des Aquakultursektors in der EU kann jedoch durch folgende Maßnahmen weiter verbessert werden: I) Gewährleistung der vollständigen Anwendung des Umweltrechts und der Erreichung seiner Ziele; II) die Auswirkungen der Aquakultur weiter zu mindern; und iii) Förderung der Aquakultur mit geringeren Umweltauswirkungen und der Aquakultur, die Ökosystemleistungen erbringt.
Die „Strategischen Leitlinien für eine nachhaltigere und wettbewerbsfähigere Aquakultur in der EU für den Zeitraum 2021-2030“ zielen darauf ab, die Umweltleistung des Aquakultursektors zu verbessern, indem die Auswirkungen der Aquakultur weiter begrenzt und die Arten der Aquakultur gefördert werden, die für die Umwelt und das Klima am vorteilhaftsten sind, wie z. B. eine geringe trophische und ökologische Aquakultur.