Akvakultura tako kot vsaka gospodarska dejavnost vpliva na okolje. To je odvisno od kakovosti upravljanja dejavnosti, primernosti lokacije in proizvodnega sistema. Kadar se akvakultura ustrezno upravlja, je lahko tudi metoda za proizvodnjo beljakovin, ki ima v primerjavi z drugimi vrstami gojenja nižji ogljični in okoljski odtis. Poleg tega lahko nekatere oblike akvakulture (npr. gojenje mehkužcev, akvakultura v ribnikih in mokriščih ter gojenje alg in drugih nevretenčarjev), kadar se ustrezno upravljajo, nudijo številne ekosistemske storitve. Te vključujejo absorpcijo čezmernih količin hranil in organskih snovi iz okolja ali ohranjanje in obnovo ekosistemov in biotske raznovrstnosti.
Z okoljsko zakonodajo EU in izvedbeno nacionalno zakonodajo je bil določen regulativni okvir za akvakulturo EU, ki zagotavlja ublažitev vpliva, ki ga lahko imajo dejavnosti akvakulture na okolje (bodisi v smislu ogljičnega odtisa, odpadnih voda, odpadkov ali drugih vplivov na morske in sladkovodne ekosisteme), ter da dejavnosti akvakulture ne škodujejo bistveno ekosistemom ali biotski raznovrstnosti.
Okoljsko uspešnost sektorja akvakulture EU je kljub temu mogoče še izboljšati z: (I) zagotavljanje, da se okoljska zakonodaja v celoti uporablja in da so izpolnjeni njeni cilji; (II) nadaljnje zmanjševanje vpliva akvakulture; ter (iii) spodbujanjem akvakulture z manjšim vplivom na okolje in akvakulture, ki zagotavlja ekosistemske storitve.
Cilj strateških smernic za bolj trajnostno in konkurenčno akvakulturo EU za obdobje 2021–2030 je izboljšati okoljsko uspešnost sektorja akvakulture z nadaljnjim omejevanjem vpliva akvakulture ter spodbujanjem vrst akvakulture, ki so najbolj koristne za okolje in podnebje, kot sta nizkotrofična akvakultura in ekološka akvakultura.