Akvakultúra má rovnako ako každá hospodárska činnosť vplyv na životné prostredie. Závisí to od kvality riadenia činnosti, vhodnosti miesta a výrobného systému. Pri správnom riadení môže byť akvakultúra aj spôsobom produkcie bielkovín s nižšou uhlíkovou a environmentálnou stopou, než majú iné typy farmárskych chovov. Okrem toho môžu určité formy akvakultúry (napr. chov mäkkýšov, akvakultúra v rybníkoch a mokradiach či pestovanie morských rias a iných bezstavovcov) pri správnom riadení ponúknuť mnohé ekosystémové služby. Medzi tieto služby patrí vstrebávanie prebytočných živín a organickej hmoty zo životného prostredia či ochrana a obnova ekosystémov a biodiverzity.
Právne predpisy EÚ v oblasti životného prostredia a vykonávacie vnútroštátne právne predpisy stanovili regulačný rámec pre akvakultúru EÚ, ktorým sa zabezpečuje zmiernenie vplyvu, ktorý môžu mať akvakultúrne činnosti na životné prostredie (či už z hľadiska uhlíkovej stopy, odpadových vôd, odpadu alebo iných vplyvov na morské a sladkovodné ekosystémy), a že akvakultúrne činnosti výrazne nepoškodzujú ekosystémy ani biodiverzitu.
Environmentálne správanie odvetvia akvakultúry EÚ však možno ďalej zlepšiť: I) zabezpečenie úplného uplatňovania právnych predpisov v oblasti životného prostredia a plnenia ich cieľov; II) ďalšie zmierňovanie vplyvu akvakultúry; a iii) presadzovaním akvakultúry s nižším environmentálnym vplyvom a akvakultúry poskytujúcej ekosystémové služby.
Cieľom strategických usmernení pre udržateľnejšiu a konkurencieschopnejšiu akvakultúru EÚ na obdobie 2021 až 2030 je zlepšiť environmentálne správanie odvetvia akvakultúry ďalším obmedzením vplyvu akvakultúry, ako aj podporou typov akvakultúry, ktoré sú najprospešnejšie pre životné prostredie a klímu, ako sú nízkotrofická akvakultúra a ekologická akvakultúra.