Mint minden gazdasági tevékenység, az akvakultúra is hatással van a környezetre. Ez a tevékenység irányításának minőségétől, a helyszín alkalmasságától és a termelési rendszertől függ. Megfelelő kezelés esetén az akvakultúra jó lehetőséget teremt a más tenyésztési típusokhoz képest alacsonyabb szén- és környezeti lábnyomot hagyó fehérjetermelésre is. Ráadásul az akvakultúra bizonyos formái (pl. a puhatestűek tenyésztése, a halastavakban és a vizes élőhelyeken megvalósított akvakultúra, valamint az algák és egyéb gerinctelenek termelése/tenyésztése) megfelelő kezelés esetén az ökoszisztéma számára is számos előnnyel jár. Az előnyök közé tartozik a felesleges tápanyagok és szerves anyagok felszívása a környezetből, vagy az ökoszisztémák és a biodiverzitás megőrzése és helyreállítása.
Az uniós környezetvédelmi jogszabályok és a végrehajtó nemzeti jogszabályok meghatározták az uniós akvakultúrára vonatkozó szabályozási keretet, amely biztosítja az akvakultúra-tevékenységek környezetre gyakorolt esetleges hatásának mérséklését (legyen szó a szénlábnyomról, a szennyvízről, a hulladékról vagy a tengeri és édesvízi ökoszisztémákra gyakorolt egyéb hatásokról), és hogy az akvakultúra-tevékenységek ne károsítsák jelentős mértékben az ökoszisztémákat vagy a biológiai sokféleséget.
Az uniós akvakultúra-ágazat környezeti teljesítménye mindazonáltal tovább javítható az alábbiak révén: a környezetvédelmi jogszabályok teljes körű alkalmazásának és célkitűzéseinek biztosítása; ii. az akvakultúra hatásának további enyhítése; és iii. a kisebb környezeti hatással járó és az ökoszisztéma számára előnyös akvakultúra támogatásával.
A „Stratégiai iránymutatás a fenntarthatóbb és versenyképesebb uniós akvakultúrához a 2021 és 2030 közötti időszakra” című dokumentum célja az akvakultúra-ágazat környezeti teljesítményének javítása az akvakultúra hatásának további korlátozása, valamint a környezet és az éghajlat szempontjából leghasznosabb akvakultúra-típusok, például az alacsony trofikus akvakultúra és az ökológiai akvakultúra előmozdítása révén.