Bħal kwalunkwe attività ekonomika, l-akkwakultura għandha impatt fuq l-ambjent. Dan jiddependi fuq il-kwalità tal-ġestjoni tal-attività, l-adegwatezza tal-post u s-sistema tal-produzzjoni. Meta tkun ġestita kif suppost, l-akkwakultura tista’ tkun ukoll metodu ta’ produzzjoni tal-proteini b’impronta ambjentali u tal-karbonju aktar baxxa minn tipi oħrajn ta’ attività agrikola. Barra minn hekk, ċerti forom ta’ akkwakultura (eż. it-trobbija tal-molluski, l-akkwakultura fl-għadajjar u fl-artijiet mistagħdra, u t-trobbija tal-algi u ta’ invertebrati oħrajn), meta jkunu ġestiti kif xieraq, jistgħu joffru ħafna servizzi fl-ekosistema. Dawn is-servizzi jinkludu l-assorbiment ta’ nutrijenti żejda u materja organika mill-ambjent, jew il-konservazzjoni u r-restawr tal-ekosistemi u tal-bijodiversità.
Il-leġiżlazzjoni ambjentali tal-UE u l-implimentazzjoni tal-leġiżlazzjoni nazzjonali stabbilixxew il-qafas regolatorju għall-akkwakultura tal-UE li jiżgura l-mitigazzjoni tal-impatt li l-attivitajiet tal-akkwakultura jista’ jkollhom fuq l-ambjent (kemm f’termini ta’ impronta tal-karbonju, effluwenti, skart jew impatti oħra fuq l-ekosistemi tal-baħar u tal-ilma ħelu), u li l-attivitajiet tal-akkwakultura ma jagħmlux ħsara sinifikanti lill-ekosistemi jew lill-bijodiversità.
Madankollu, il-prestazzjoni ambjentali tas-settur tal-akkwakultura tal-UE tista’ tittejjeb aktar billi: (I) l-iżgurar li l-leġiżlazzjoni ambjentali tiġi applikata bis-sħiħ u li l-objettivi tagħha jintlaħqu; (II) il-mitigazzjoni ulterjuri tal-impatt tal-akkwakultura; u (iii) il-promozzjoni tal-akkwakultura b’impatt ambjentali iżgħar, u tal-akkwakultura li tipprovdi servizzi fl-ekosistema.
Il- “Linji gwida strateġiċi għal akkwakultura tal-UE aktar sostenibbli u kompetittiva għall-perjodu 2021–2030” għandhom l-għan li jtejbu l-prestazzjoni ambjentali tas-settur tal-akkwakultura billi jillimitaw aktar l-impatt tal-akkwakultura, kif ukoll jippromwovu t-tipi ta’ akkwakultura li huma l-aktar ta’ benefiċċju għall-ambjent u l-klima bħall-akkwakultura trofika baxxa u l-akkwakultura organika.