Stejně jako jakákoli hospodářská činnost má i akvakultura dopad na životní prostředí. To závisí na kvalitě řízení činnosti, vhodnosti umístění a výrobního systému. Při správném řízení může být akvakultura rovněž metodou produkce bílkovin, která má menší uhlíkovou a environmentální stopu než jiné druhy chovu či pěstování. Některé formy akvakultury (např. chov měkkýšů, akvakultura provozovaná v rybnících a mokřadech, pěstování řas a chov dalších bezobratlých živočichů) kromě toho při správném řízení mohou poskytovat mnoho ekosystémových služeb. Mezi tyto služby patří například absorpce přebytečných živin a organických látek z prostředí nebo ochrana a obnova ekosystémů a biologické rozmanitosti.
Právní předpisy EU v oblasti životního prostředí a prováděcí vnitrostátní právní předpisy stanovily regulační rámec pro akvakulturu v EU, který zajišťuje zmírnění dopadu činností akvakultury na životní prostředí (ať už z hlediska uhlíkové stopy, odpadních vod, odpadu nebo jiných dopadů na mořské a sladkovodní ekosystémy) a že činnosti akvakultury významně nepoškozují ekosystémy ani biologickou rozmanitost.
Environmentální výkonnost odvětví akvakultury EU lze nicméně dále zlepšit: i) zajištění plného uplatňování právních předpisů v oblasti životního prostředí a plnění jejich cílů; II) další zmírňování dopadu akvakultury; a iii) podporou akvakultury s menším dopadem na životní prostředí a akvakultury poskytující ekosystémové služby.
Cílem „Strategických zásad pro udržitelnější a konkurenceschopnější akvakulturu v EU na období 2021–2030“ je zlepšit environmentální výkonnost odvětví akvakultury dalším omezením dopadu akvakultury a podporou druhů akvakultury, které jsou pro životní prostředí a klima nejpříznivější, jako je nízkotrafická akvakultura a ekologická akvakultura.
