Όπως κάθε οικονομική δραστηριότητα, η υδατοκαλλιέργεια έχει αντίκτυπο στο περιβάλλον. Αυτό εξαρτάται από την ποιότητα της διαχείρισης της δραστηριότητας, την καταλληλότητα της τοποθεσίας και το σύστημα παραγωγής. Εφόσον η διαχείριση γίνεται με τον κατάλληλο τρόπο, η υδατοκαλλιέργεια μπορεί να λειτουργήσει και ως μέθοδος παραγωγής πρωτεϊνών με χαμηλότερο αποτύπωμα άνθρακα και περιβαλλοντικό αποτύπωμα από άλλα είδη καλλιέργειας. Επιπροσθέτως, ορισμένες μορφές υδατοκαλλιέργειας (π.χ. η καλλιέργεια μαλακίων, η υδατοκαλλιέργεια σε λιμνοδεξαμενές και υγροτόπους και η καλλιέργεια φυκών και άλλων ασπόνδυλων), εφόσον η διαχείρισή τους γίνεται με τον κατάλληλο τρόπο, μπορούν να προσφέρουν πολλές υπηρεσίες οικοσυστήματος. Οι υπηρεσίες αυτές συμπεριλαμβάνουν την απορρόφηση της περίσσειας των θρεπτικών ουσιών και της οργανικής ύλης από το περιβάλλον ή τη συντήρηση και αποκατάσταση των οικοσυστημάτων και της βιοποικιλότητας.
Η περιβαλλοντική νομοθεσία της ΕΕ και η εκτελεστική εθνική νομοθεσία έχουν καθορίσει το κανονιστικό πλαίσιο για την υδατοκαλλιέργεια στην ΕΕ, το οποίο διασφαλίζει τον μετριασμό των επιπτώσεων που ενδέχεται να έχουν οι δραστηριότητες υδατοκαλλιέργειας στο περιβάλλον (είτε πρόκειται για αποτύπωμα άνθρακα, λύματα, απόβλητα ή άλλες επιπτώσεις στα θαλάσσια οικοσυστήματα και στα οικοσυστήματα γλυκών υδάτων), και ότι οι δραστηριότητες υδατοκαλλιέργειας δεν βλάπτουν σημαντικά τα οικοσυστήματα ή τη βιοποικιλότητα.
Ωστόσο, οι περιβαλλοντικές επιδόσεις του τομέα υδατοκαλλιέργειας της ΕΕ μπορούν να βελτιωθούν περαιτέρω με τους εξής τρόπους: I) τη διασφάλιση της πλήρους εφαρμογής της περιβαλλοντικής νομοθεσίας και της επίτευξης των στόχων της· II) περαιτέρω μετριασμό των επιπτώσεων της υδατοκαλλιέργειας· και iii) την προώθηση της υδατοκαλλιέργειας με χαμηλότερο περιβαλλοντικό αντίκτυπο και της υδατοκαλλιέργειας η οποία παρέχει υπηρεσίες οικοσυστήματος.
Οι «Στρατηγικές κατευθυντήριες γραμμές για μια πιο βιώσιμη και ανταγωνιστική υδατοκαλλιέργεια στην ΕΕ για την περίοδο 2021-2030» αποσκοπούν στη βελτίωση των περιβαλλοντικών επιδόσεων του τομέα της υδατοκαλλιέργειας με τον περαιτέρω περιορισμό των επιπτώσεων της υδατοκαλλιέργειας, καθώς και με την προώθηση των τύπων υδατοκαλλιέργειας που είναι περισσότερο επωφελείς για το περιβάλλον και το κλίμα, όπως η χαμηλού τροφικού επιπέδου υδατοκαλλιέργεια και η βιολογική υδατοκαλλιέργεια.