Kao i svaka gospodarska djelatnost, akvakultura utječe na okoliš. To ovisi o kvaliteti upravljanja djelatnošću, prikladnosti lokacije i sustavu proizvodnje. Ako se njome pravilno upravlja, akvakultura može biti i metoda proizvodnje bjelančevina s manjim ugljičnim i ekološkim otiskom od drugih vrsta uzgoja. Nadalje, određene vrste akvakulture (npr. uzgoj mekušaca, akvakultura u ribnjacima i na močvarnim područjima te uzgoj algi i drugih beskralježnjaka), ako se njima upravlja na odgovarajući način, mogu pružati mnoge usluge ekosustava. Te usluge uključuju apsorpciju viška hranjivih i organskih tvari iz okoliša ili očuvanje i obnovu ekosustava i bioraznolikosti.
Zakonodavstvom EU-a u području okoliša i provedbenim nacionalnim zakonodavstvom utvrđen je regulatorni okvir za akvakulturu u EU-u kojim se osigurava ublažavanje učinka koji akvakulturne aktivnosti mogu imati na okoliš (bilo u smislu ugljičnog otiska, otpadnih voda, otpada ili drugih učinaka na morske i slatkovodne ekosustave) te da aktivnosti akvakulture ne štete znatno ekosustavima ili bioraznolikosti.
Ekološka učinkovitost sektora akvakulture EU-a ipak se može dodatno poboljšati: i. osiguravanje potpune primjene zakonodavstva u području okoliša i ispunjenja njegovih ciljeva; ii. daljnje ublažavanje učinka akvakulture; i iii. promicanjem akvakulture sa smanjenim učinkom na okoliš i akvakulture koja pruža usluge ekosustava.
Cilj je „Strateških smjernica za održiviju i konkurentniju akvakulturu u EU-u za razdoblje od 2021. do 2030.” poboljšati okolišnu učinkovitost sektora akvakulture daljnjim ograničavanjem učinka akvakulture te promicanjem vrsta akvakulture koje su najkorisnije za okoliš i klimu, kao što su niska trofička akvakultura i ekološka akvakultura.