Podobnie jak każda działalność gospodarcza, akwakultura ma wpływ na środowisko. Zależy to od jakości zarządzania działalnością, adekwatności lokalizacji i systemu produkcji. Przy odpowiednim zarządzaniu akwakultura może być również metodą produkcji białka o niższym śladzie węglowym i środowiskowym niż inne rodzaje hodowli. Ponadto niektóre formy akwakultury (np. hodowla mięczaków, akwakultura w stawach i na terenach podmokłych oraz hodowla alg i innych bezkręgowców) w przypadku odpowiedniego zarządzania mogą oferować wiele usług ekosystemowych. Usługi te obejmują absorpcję nadmiaru składników biogennych i materii organicznej ze środowiska lub ochronę i odbudowę ekosystemów i różnorodności biologicznej.
Przepisy UE w zakresie ochrony środowiska i przepisy wykonawcze krajowe ustanowiły ramy regulacyjne dla akwakultury w UE, które zapewniają łagodzenie wpływu, jaki działalność w zakresie akwakultury może mieć na środowisko (czy to pod względem śladu węglowego, ścieków, odpadów lub innych skutków dla ekosystemów morskich i słodkowodnych), oraz że działalność w zakresie akwakultury nie szkodzi znacząco ekosystemom ani różnorodności biologicznej.
Efektywność środowiskową unijnego sektora akwakultury można jednak jeszcze bardziej poprawić poprzez: (i) zapewnienie pełnego stosowania prawodawstwa w zakresie ochrony środowiska i realizacji jego celów; (II) dalsze łagodzenie wpływu akwakultury; oraz (iii) promując akwakulturę wywierającą mniejszy wpływ na środowisko oraz akwakulturę, która zapewnia usługi ekosystemowe.
„Strategiczne wytyczne dotyczące bardziej zrównoważonej i konkurencyjnej akwakultury w UE na lata 2021–2030” mają na celu poprawę efektywności środowiskowej sektora akwakultury poprzez dalsze ograniczanie wpływu akwakultury, a także promowanie rodzajów akwakultury, które są najbardziej korzystne dla środowiska i klimatu, takich jak akwakultura o niskim poziomie troficznym i akwakultura ekologiczna.