Al igual que cualquier actividad económica, la acuicultura tiene un impacto en el medio ambiente. Esto depende de la calidad de la gestión de la actividad, de la idoneidad de la ubicación y del sistema de producción. La acuicultura, si se gestiona adecuadamente, también puede constituir un método de producción de proteínas con una huella de carbono y ambiental menor que la de otros tipos de explotaciones agropecuarias. Asimismo, algunas formas de acuicultura (por ejemplo, la cría de moluscos, la acuicultura en estanques y humedales, y el cultivo de algas y otros invertebrados), con la gestión adecuada, puede ofrecer muchos servicios ecosistémicos. Dichos servicios incluyen la absorción del exceso de nutrientes y materia orgánica del entorno o la conservación y la restauración de los ecosistemas y la biodiversidad.
La legislación medioambiental de la UE y la legislación nacional de aplicación han establecido un marco regulador para la acuicultura de la UE que garantiza la mitigación del impacto que las actividades acuícolas pueden tener en el medio ambiente (ya sea en términos de huella de carbono, efluentes, residuos u otros impactos en los ecosistemas marinos y de agua dulce), y que las actividades acuícolas no perjudican significativamente a los ecosistemas ni a la biodiversidad.
No obstante, el comportamiento medioambiental del sector acuícola de la UE puede mejorarse: I) garantizar la plena aplicación de la legislación medioambiental y el cumplimiento de sus objetivos; II) seguir mitigando el impacto de la acuicultura; y iii) promoviendo una acuicultura con un menor impacto ambiental y que proporcione servicios ecosistémicos.
Las «Directrices estratégicas para una acuicultura de la UE más sostenible y competitiva para el período 2021-2030» tienen por objeto mejorar el comportamiento medioambiental del sector acuícola limitando aún más el impacto de la acuicultura y promoviendo los tipos de acuicultura más beneficiosos para el medio ambiente y el clima, como la acuicultura con bajo nivel trófico y la acuicultura ecológica.