Pro druhy akvakultury v EU existují velmi rozmanité metody produkce, některé z nich jsou tyto (tabulka ekonomických údajů VTHVR pro akvakulturu, 2023):
— Uzavřené prostory, kotce, recirkulační systémy a nádrže pro lososy;
— Nádrže a náhony, recirkulační systémy a rybníky pro pstruhy,
— Kotce, nádrže, rybníky, recirkulační systémy pro mořčáka evropského a mořčáka evropského,
— Vory, polykultura, loginka pro slávky;
— Rybníky, nádrže, závodní cesty, žlázy, polykultura kaprů,
— Na dně, na dlouhou lovnou šňůru, vory a polykulturu ústřic,
— Rybníky, závodní cesty, nádrže pro korýše;
— Na dně, nádržích a náhonech, kotcích, recirkulačních systémech, polykulturách, vorech, dlouhých lovných šňůrách, nádržích pro mořské řasy,
— Bioreaktory s otevřeným nebo uzavřeným systémem pro mikrořasy.
Kromě toho musí být v raných stadiích růstu většina druhů ryb a mořských řas v líhni a odchovu. Semena měkkýšů se produkují v líhních nebo se sbírají z volné přírody.