Υπάρχουν πολύ διαφορετικές μέθοδοι παραγωγής για τα είδη υδατοκαλλιέργειας της ΕΕ, ορισμένες από τις κύριες είναι οι ακόλουθες (πίνακας οικονομικών δεδομένων υδατοκαλλιέργειας της ΕΤΟΕΑ, 2023):
— Περιβλήματα, θάλαμοι, συστήματα ανακυκλοφορίας και δεξαμενές σολομού·
— Δεξαμενές και υπόστεγα, συστήματα ανακυκλοφορίας και λίμνες για πέστροφες·
— Στυλό, δεξαμενές, τεχνητές λίμνες, συστήματα ανακυκλοφορίας λαβρακιού και τσιπούρας·
— Ραβδώσεις, πολυκαλλιέργεια, γραμμοσειρά μυδιών·
— Τεχνητές λίμνες, δεξαμενές, οδοί, κύπελλα, πολυκαλλιέργεια κυπρίνου·
— Στον πυθμένα, με παραγάδι, με καλάμι και με πολυκαλλιέργεια στρειδιών·
— Λίμνες, διάδρομοι, δεξαμενές για καρκινοειδή·
— Στον πυθμένα, σε δεξαμενές και ράχη, σε στυλογράφους, συστήματα ανακυκλοφορίας, πολυκαλλιέργεια, λέμβους, παραγάδια, δεξαμενές για φύκια·
— Βιοαντιδραστήρες ανοικτού ή κλειστού συστήματος για μικροφύκη.
Επιπλέον, κατά τα πρώτα στάδια ανάπτυξης, τα περισσότερα είδη ψαριών και φύκια πρέπει να βρίσκονται σε εκκολαπτήριο και σε νηπιαγωγείο. Οι σπόροι μαλακίων παράγονται σε εκκολαπτήρια ή συλλέγονται από το φυσικό περιβάλλον.