Продуктите от аквакултури в ЕС се произвеждат в съответствие с високи стандарти за качество и устойчивост, тъй като съществува голяма част от законодателството на ЕС, което обхваща различни въпроси, които производителите на аквакултури трябва да спазват (напр. законодателство относно здравето на животните, хуманното отношение към животните, безопасността на храните, безопасността на фуражите, ветеринарното лечение, качеството на водата, законодателството относно въвеждането на неместни или неприсъстващи в района видове и т.н.).