Onderzoek naar genetische diversiteit en genomische signalen van de ontwikkeling van hatchery-Induced in Gilthead Seabream (Sparus aurata) Populations

De identificatie van de genetische basis voor domesticatie in vissoorten is voor de aquacultuursector van groot belang om de productiviteit, de kwaliteit en het welzijn van gekweekte vis te verhogen. Het doel van deze studie is onderzoek te doen naar de grotendeels onbekende door aquacultuur veroorzaakte ontwikkeling van goudbrasem, een van de belangrijkste gekweekte vis in het Middellandse Zeegebied. We gebruikten een panel van 1159 genomische SNP’s en genotypeerde 956 vissen van 23 wilde populaties van de hele Middellandse Zee en 362 gekweekte vis uit vijf Griekse broederijen. We hebben de genetische diversiteit van de bemonsterde populaties beoordeeld en de resultaten van vier verschillende benaderingen van uitschieters vergeleken. We erkenden één zeer sterke kandidaat en twee goede kandidaat-SNP’s met bewijs voor een door aquacultuur veroorzaakte ontwikkeling in de giltheadzeebrasem. De annotatie van deze SNP’s bracht naburige genen met biologische rollen aan het licht, afkomstig van stresstolerantie en ziektebestendigheid tegen seksuele rijping, die onze waarnemingen kunnen verklaren. Concluderend tonen wij aan dat het genoom van goudbrasem, ondanks het feit dat wordt gesuggereerd dat de soort zich vaak in een vroeg stadium van het domesticatieproces bevindt, wijst op een door aquacultuur veroorzaakte ontwikkeling. Wij brengen verslag uit over een lijst van genen die onze opmerkingen kunnen toelichten en die nader kunnen worden onderzocht. Wij verwachten dat onze bevindingen aanvullend onderzoek zullen stimuleren door gebruik te maken van SNP-panelen met een hogere dichtheid die de genomische architectuur van domesticatie bij deze soort van groot aquacultuurbelang kunnen verduidelijken.