Vyšetrovanie genetickej rozmanitosti a genómových podpisov vývoja vyvolaného katchériou v populácii Gilthead Seabream (Sparus aurata)

Identifikácia genetického základu zdomácnenia druhov rýb má včasný význam pre odvetvie akvakultúry s cieľom zvýšiť produktivitu, kvalitu a dobré životné podmienky rýb z farmových chovov. Cieľom tejto štúdie je preskúmať zväčša neznámy vývoj pagela bledého spôsobeného akvakultúrou, ktorý je jednou z najdôležitejších rýb z farmových chovov v regióne Stredozemného mora. Použili sme panel 1159 celoplošných SNP a genotypizovaných 956 rýb z 23 voľne žijúcich populácií v celej Stredozemnom mori a 362 rýb z farmových chovov z piatich gréckych liahní. Posúdili sme genetickú rozmanitosť populácií zaradených do vzorky a kontrastovali sme s výsledkami štyroch rôznych prístupov metód detekcie odľahlých hodnôt. Uznali sme jedného veľmi silného kandidáta a dva dobré kandidátske SNP s dôkazmi o vývoji pagela bledého spôsobeného akvakultúrou. Anotácia týchto SNP odhalila susedné gény s biologickými úlohami od tolerancie stresu a odolnosti voči chorobám až po pohlavné zrenie, ktoré môžu vysvetliť naše pozorovania. Na záver dokazujeme, že genóm pagela bledého napriek tomu, že sa často navrhuje, aby bol tento druh v počiatočných fázach procesu domestikácie, svedčí o vývoji vyvolanom akvakultúrou. Uvádzame zoznam génov, ktoré môžu vysvetliť naše pripomienky a ktoré možno ďalej skúmať. Predpokladáme, že naše zistenia podnietia ďalší výskum s využitím panelov SNP s vyššou hustotou, ktoré môžu objasniť genómovú architektúru domestikácie tohto druhu s vysokým akvakultúrnym významom.