Gilthead Seabream (Sparus aurata) populatsioonide geneetilise mitmekesisuse ja haudejaamast saadud genoomiliste allkirjade uurimine

Kalaliikide kasvatamise geneetilise aluse kindlaksmääramine on vesiviljelustööstuse jaoks õigel ajal oluline, et suurendada tehistingimustes peetavate kalade tootlikkust, kvaliteeti ja heaolu. Käesoleva uuringu eesmärk on uurida vesiviljelusest tingitud valdavalt tundmatut arengut kuld-besuugos, mis on üks Vahemere piirkonna kõige olulisemaid tehistingimustes peetavaid kalu. Kasutasime paneeli, mis koosnes 1159 kogu genoomi hõlmavast riiklikust kavast, ning genotüübiga 956 kala 23 looduslikust populatsioonist, mis on levinud kogu Vahemeres, ja 362 kasvatatud kala viiest Kreeka haudejaamast. Hindasime valimisse kaasatud populatsioonide geneetilist mitmekesisust ja tasakaalustasime võõrväärtuste tuvastamise meetodite nelja erineva lähenemisviisi tulemusi. Me tunnustasime üht väga tugevat kandidaati ja kahte head riiklikku reformikava, millel on tõendeid vesiviljelusest tingitud huntahvena arengu kohta. Nende SNPde märkimine tõi ilmsiks bioloogilise rolliga naabergeenid, mis tulenevad stressitaluvusest ja haigustele vastupidavusest seksuaalse küpsuse suhtes, mis võivad meie tähelepanekuid selgitada. Kokkuvõttes tõendame, et kuldpea-besuugo genoom näitab vesiviljelusest tingitud arengut, hoolimata asjaolust, et see liik on sageli kodustamise algstaadiumis. Esitame nimekirja geenidest, mis võivad meie tähelepanekuid selgitada ja mida võib täiendavalt uurida. Eeldame, et meie leiud stimuleerivad täiendavaid teadusuuringuid, kasutades suurema tihedusega SNP paneele, mis suudavad selgitada selle suure veekultuurilise tähtsusega liigi kodustamise genoomiarhitektuuri.