Istraživanje genetske raznolikosti i genomskih potpisa evolucije inducirane valionice u populacijama Gilthead Seabream (Sparus aurata)

Utvrđivanje genetske osnove za udomaćivanje ribljih vrsta pravodobno je važno za industriju akvakulture kako bi se povećala produktivnost, kvaliteta i dobrobit ribe iz uzgoja. Cilj je ove studije istražiti u velikoj mjeri nepoznat razvoj rumenca okana, koji je jedna od najvažnijih riba iz uzgoja u sredozemnoj regiji, a uzrokovan je akvakulturom. Koristili smo panel od 1159 SNP-ova na razini cijelog genoma i genotipa 956 riba iz 23 divlje populacije sredozemne rasprostranjenosti i 362 ribe iz uzgoja iz pet grčkih mrijestilišta. Sud je procijenio genetsku raznolikost uzorkovanih populacija i usporedio rezultate četiriju različitih pristupa metodama otkrivanja netipičnih vrijednosti. Prepoznali smo jednog vrlo snažnog kandidata i dva dobra kandidata za SNP s dokazima o razvoju rumenca okana potaknutom akvakulturom. Napomenom tih SNP-ova otkriveni su susjedni geni s biološkim ulogama, od tolerancije na stres i otpornosti na bolesti do spolnog sazrijevanja, što može objasniti naša opažanja. Zaključno, pokazujemo da genom rumenca okana, unatoč činjenici da se često predlaže da se vrsta nalazi u ranim fazama procesa udomljavanja, pokazuje razvoj potaknut akvakulturom. Sud izvješćuje o popisu gena kojim se mogu objasniti naša opažanja i koji se mogu dodatno istražiti. Očekujemo da će se našim nalazima potaknuti dodatna istraživanja upotrebom panela SNP-a veće gustoće koji mogu pojasniti genomsku arhitekturu udomaćivanja u toj vrsti od velikog akvakulturnog interesa.