Étude de la diversité génétique et des signatures génomiques de l’évolution hatchery-Induced dans les populations de Gilthead Seabream (Sparus aurata)

L’identification de la base génétique de la domestication chez les espèces de poissons revêt une importance opportune pour le secteur aquacole afin d’accroître la productivité, la qualité et le bien-être des poissons d’élevage. L’objectif de cette étude est d’étudier l’évolution, largement inconnue, de la dorade royale induite par l’aquaculture, qui est l’un des poissons d’élevage les plus importants de la région méditerranéenne. Nous avons utilisé un panel de 1159 PNS à l’échelle génomique, et avons génotypé 956 poissons provenant de 23 populations sauvages réparties à l’échelle méditerranéenne et 362 poissons d’élevage provenant de cinq couvoirs grecs. Nous avons évalué la diversité génétique des populations échantillonnées et comparé les résultats de quatre approches différentes des méthodes de détection aberrante. Nous avons reconnu un candidat très fort et deux candidats de qualité parmi les candidats présentant des preuves de l’évolution de la dorade royale induite par l’aquaculture. L’annotation de ces PNS a révélé des gènes voisins ayant des rôles biologiques allant de la tolérance au stress et de la résistance aux maladies à la maturation sexuelle, ce qui peut expliquer nos observations. En conclusion, nous démontrons que le génome de la dorade royale, bien qu’il soit souvent suggéré que l’espèce se trouve aux premiers stades du processus de domestication, témoigne d’une évolution induite par l’aquaculture. Nous faisons état d’une liste de gènes qui peuvent expliquer nos observations et qui peuvent faire l’objet d’un examen plus approfondi. Nous prévoyons que nos conclusions stimuleront des recherches supplémentaires grâce à l’utilisation de panneaux de PNCS à plus forte densité qui permettent d’élucider l’architecture génomique de la domestication dans cette espèce présentant un intérêt aquacole élevé.