— Innan vattenbruksanläggningar kan bedriva sin verksamhet måste framtida vattenbruksproducenter erhålla ett tillstånd från de behöriga nationella myndigheterna (ibland kan regionala myndigheter ansvara för tillstånd). Myndigheterna kontrollerar om den föreslagna platsen är lämplig och gör en noggrann granskning av vattenbrukets möjliga miljöpåverkan.
— Vattenbruksproducenter behöver tillstånd innan de använder havsvatten eller sötvatten till anläggningen. När de återgår till miljön får vattenförekomstens status inte försämras.
Vattenbruksanläggningar måste dessutom vara registrerade eller godkända av sanitära myndigheter med ansvar för djurhälsa, och både jordbrukaren och dessa myndigheter är skyldiga att övervaka eventuella sjukdomar.
— När alla tillstånd har erhållits måste vattenbruksproducenterna uppfylla flera villkor för att säkerställa att vattenbruksverksamheten respekterar miljön, människors och djurs hälsa och djurskydd.
— Godkända jordbruksföretag måste fortsätta att övervaka sin miljöpåverkan.
— För att skydda miljön får tillverkarna endast använda godkänt foder, rengöringsmedel och läkemedel.
— När det gäller djurhälsa är jordbrukarna också skyldiga att föra flera register, bland annat om hur många djur som förs in i och ut ur gården och hur många djur som dör. De måste även registrera vilka åtgärder de vidtar för att förebygga och hantera risken för sjukdomar. För att skydda konsumenternas hälsa måste odlarna följa stränga regler om livsmedelshygien och djurhälsa. De får endast använda godkänt och kontrollerat foder.
— Användningen av veterinärmedicinska läkemedel kräver ett recept från en veterinär, och endast godkända veterinärmedicinska läkemedel är tillåtna, med iakttagande av föreskrivna karenstider och gränsvärden för resthalter. Odlarna måste registrera samtliga veterinärmedicinska läkemedel de använder och behålla en kopia av recepten.
— Dessutom måste jordbrukarna se till att produktionsdjuren behandlas humant under hela produktionscykeln och under slakt och transport.