— For at akvakulturbrug kan drives, skal fremtidige akvakulturproducenter indhente en tilladelse fra de kompetente nationale myndigheder (undertiden kan de regionale myndigheder være ansvarlige for tilladelserne). Myndighederne kontrollerer i forbindelse med deres vurdering, om den foreslåede placering er egnet, og de efterprøver omhyggeligt akvakulturbrugets indvirkning på miljøet.
Akvakulturproducenter skal have tilladelse, før de anvender havvand eller ferskvand til akvakulturbruget. Når vandet føres tilbage til miljøet, må det ikke forringe vandmiljøet.
— Akvakulturvirksomheder skal desuden være registreret eller godkendt af sundhedsmyndigheder, der beskæftiger sig med dyresundhed, og både landbrugeren og disse myndigheder er forpligtet til at foretage overvågning af eventuelle sygdomme.
— Når alle myndigheder er opnået, skal akvakulturproducenterne opfylde flere betingelser for at sikre, at akvakulturaktiviteterne respekterer miljøet, menneskers og dyrs sundhed og dyrevelfærden.
— De godkendte bedrifter skal fortsat overvåge deres indvirkning på miljøet.
— For at beskytte miljøet må producenterne kun anvende godkendt foder, rengøringsmidler og lægemidler.
Med hensyn til dyresundhed har landbrugerne også pligt til at føre flere registre, herunder over, hvor mange dyr der kommer ind på og forlader bedriften, og hvor mange dyr der dør. De skal også registrere de foranstaltninger, de træffer for at forebygge og håndtere enhver risiko for sygdom. For at beskytte forbrugernes sundhed skal akvakulturproducenterne følge strenge regler for fødevarehygiejne og dyresundhed. De må kun anvende godkendt og kontrolleret foder.
— Anvendelsen af veterinærlægemidler kræver en recept fra en dyrlæge, og kun godkendte veterinærlægemidler er tilladt under overholdelse af foreskrevne tilbageholdelsestider og grænseværdier for restkoncentrationer. Producenterne skal registrere alle de lægemidler, de bruger, og de skal opbevare en kopi af recepterne.
— Desuden skal landbrugerne sikre human behandling af opdrættede dyr i hele deres produktionscyklus og under slagtning og transport.