— Για να μπορέσουν να λειτουργήσουν οι εκμεταλλεύσεις υδατοκαλλιέργειας, οι μελλοντικοί παραγωγοί υδατοκαλλιέργειας πρέπει να λάβουν άδεια από τις αρμόδιες εθνικές αρχές (ενίοτε οι περιφερειακές αρχές μπορεί να είναι υπεύθυνες για τη χορήγηση αδειών). Κατά την αξιολόγησή τους, οι αρχές ελέγχουν εάν η προτεινόμενη τοποθεσία είναι κατάλληλη και σταθμίζουν προσεκτικά τις δυνητικές επιπτώσεις που θα έχει η λειτουργία της μονάδας αυτής στο περιβάλλον.
— Οι παραγωγοί υδατοκαλλιέργειας χρειάζονται άδεια προτού χρησιμοποιήσουν θαλάσσιο ή γλυκό νερό για την εκμετάλλευση. Όταν επιστρέφουν το νερό στο περιβάλλον, η κατάσταση του υδατικού συστήματος δεν πρέπει να επιδεινώνεται.
— Επιπλέον, οι εγκαταστάσεις υδατοκαλλιέργειας πρέπει να καταχωρίζονται ή να εγκρίνονται από τις υγειονομικές αρχές που ασχολούνται με την υγεία των ζώων, και τόσο ο γεωργός όσο και οι εν λόγω αρχές έχουν την υποχρέωση να διενεργούν επιτήρηση για πιθανές νόσους.
— Μόλις ληφθούν όλες οι άδειες, οι υδατοκαλλιεργητές πρέπει να συμμορφώνονται με διάφορους όρους ώστε να διασφαλίζεται ότι οι δραστηριότητες υδατοκαλλιέργειας σέβονται το περιβάλλον, την υγεία των ανθρώπων και των ζώων και την καλή διαβίωση των ζώων.
— Οι εγκεκριμένες εκμεταλλεύσεις πρέπει να συνεχίσουν να παρακολουθούν τις επιπτώσεις τους στο περιβάλλον.
— Για την προστασία του περιβάλλοντος, οι παραγωγοί μπορούν να χρησιμοποιούν μόνο εγκεκριμένες ζωοτροφές, προϊόντα καθαρισμού και φάρμακα.
— Όσον αφορά την υγεία των ζώων, οι κτηνοτρόφοι έχουν επίσης την υποχρέωση να τηρούν διάφορα αρχεία, συμπεριλαμβανομένων εκείνων που αφορούν τον αριθμό των ζώων που εισέρχονται και εξέρχονται από την εκμετάλλευση και τον αριθμό των νεκρών. Πρέπει επίσης να καταγράφουν τα μέτρα που λαμβάνουν για την πρόληψη και τη διαχείριση κάθε κινδύνου νόσου. Για την προστασία της υγείας των καταναλωτών, οι υδατοκαλλιεργητές πρέπει να τηρούν αυστηρούς κανόνες για την υγιεινή των τροφίμων και την υγεία των ζώων. Πρέπει να χρησιμοποιούν μόνον εγκεκριμένες και ελεγχόμενες ζωοτροφές.
— Για τη χρήση κτηνιατρικών φαρμάκων απαιτείται συνταγή κτηνιάτρου και επιτρέπονται μόνο εγκεκριμένα κτηνιατρικά φάρμακα, τηρουμένων των καθορισμένων προθεσμιών αναμονής και των ορίων καταλοίπων. Οι υδατοκαλλιεργητές πρέπει να καταγράφουν όλα τα κτηνιατρικά φάρμακα που χρησιμοποιούν και να τηρούν αντίγραφο των συνταγών.
— Επιπλέον, οι κτηνοτρόφοι πρέπει να εξασφαλίζουν μη βάναυση μεταχείριση των εκτρεφόμενων ζώων καθ’ όλη τη διάρκεια του κύκλου παραγωγής τους, καθώς και κατά τη σφαγή και τη μεταφορά τους.