Gestion de la communauté microbienne des larves de poissons marins: Une perspective holistique pour la larviculture

La disponibilité de juvéniles de qualité constitue un goulet d’étranglement dans l’élevage de nombreuses espèces de poissons marins. Les interactions nocives entre larves et microbes sont l’une des principales raisons de la mauvaise viabilité et de la mauvaise qualité de l’élevage larvaire. Dans le cadre de cet examen, nous examinons la communauté microbienne des larves de poissons d’un point de vue écologique et écophysiologique, dans le but de développer la base de connaissances pour la gestion microbienne. Les larves sont exposées à un grand nombre de microbes provenant de sources externes et internes dans l’aquaculture intensive, mais leur importance relative dépend de la technologie d’élevage utilisée (en particulier des systèmes de circulation dynamique par rapport aux systèmes de recirculation) et du temps de rétention de l’eau dans les réservoirs à poisson. En général, l’accent a été mis sur l’entrée des microbes dans le système, mais les microbes issus de la croissance au sein du système constituent normalement une partie substantielle des microbes rencontrés par les larves. Des méthodes indépendantes de culture ont révélé une forte richesse inattendue d’espèces bactériennes associées aux larves, avec 100 à 250 unités taxonomiques opérationnelles associées à un individu. Le microbiote des larves évolue rapidement jusqu’à la métamorphose, très probablement en raison de modifications de la pression de sélection dans le tube digestif dues à des modifications des interactions entre l’hôte et le microbe. Même si le microbiote des larves est nettement différent de celui de l’eau et des aliments vivants, le microbiote de l’eau influe fortement sur le microbiote des larves. Nous en sommes à la phase initiale de compréhension in vivo des interactions larva-microbe, mais certaines études avec d’autres animaux que les poissons soulignent que nous avons jusqu’à présent sous-estimé la complexité de ces interactions. Nous présentons des exemples démontrant la diversité de ces interactions. Il existe une grande variété de méthodes de gestion microbienne, axées sur la réduction non sélective des microbes, l’amélioration sélective des microbes et l’amélioration de la résistance des larves aux microbes. Toutefois, relativement peu de méthodes ont été étudiées de manière approfondie. Nous pensons qu’il y a beaucoup à gagner en augmentant la diversité des approches en matière de gestion microbienne. Étant donné que de nombreuses méthodes de gestion microbienne sont des perturbations de la communauté microbienne, nous soutenons que la théorie écologique est nécessaire pour prévoir et tester les conséquences à plus long terme des interactions microbe-microbe et microlarves. Enfin, nous formulons quelques recommandations pour la recherche et le développement futurs.