Integrovaný multiparametrický přístup ke komplexnímu posouzení mikrobiální kvality a znečištění v akvakulturních systémech

Vzhledem k tomu, že odvětví akvakultury se v posledních desetiletích celosvětově výrazně rozšířilo, vyvinula se koncepce udržitelné akvakultury s výzvou nejen maximalizovat přínosy, ale také minimalizovat negativní dopady na životní prostředí, které zároveň zajišťují potravinové zabezpečení. V tomto rámci je ústředním tématem monitorování a zlepšování mikrobiologické kvality vody a zdraví zvířat. V této studii jsme hodnotili mikrobiologickou kvalitu mořské vody v systému mořské akvakultury nacházejícím se ve středomořské pobřežní oblasti (Severní Jónské moře, Itálie). Poprvé jsme poskytli mikrobiální soupis založený na konvenčních metodách založených na kultuře, integrovaný s metodou metabarkódování genů 16S rRNA pro identifikaci vibrios a analýzy rozmanitosti, a dále jsme zavedli údaje o mikrobiální metabolické profilaci získané ze systému Biolog EcoPlate. Ukazatele mikrobiologického znečištění, rozmanitost vibriosu a mikrobiální metabolismus byly stanoveny ve dvou různých obdobích roku (červenec a prosinec). Všechny mikrobiální parametry měřené v červenci se oproti parametrům naměřeným v prosinci výrazně zvýšily. Diskutuje se o přítomnosti potenciálně patogenních vibrií, pokud jde o riziko nákazy ryb a infekcí lidí. Proto by zde navrhovaný mikrobiální soupis mohl představovat nový multiparametrický přístup pro vhodný dohled nad mikrobiální kvalitou v systému mořské kultury. V důsledku toho by mohl být užitečný pro zajištění bezpečnosti chovaných druhů i spotřebitelů s ohledem na udržitelné řízení akvakultury šetrné k životnímu prostředí.