Une approche intégrée et multiparamétrique pour l’évaluation complète de la qualité microbiologique et de la pollution dans les systèmes aquacoles

Alors que le secteur de l’aquaculture s’est considérablement développé dans le monde au cours des dernières décennies, le concept d’aquaculture durable s’est développé avec le défi non seulement de maximiser les avantages, mais aussi de réduire au minimum les incidences négatives sur l’environnement, tout en garantissant la sécurité alimentaire. Dans ce cadre, la surveillance et l’amélioration de la qualité microbiologique de l’eau et de la santé animale constituent un thème central. Dans la présente étude, nous avons évalué la qualité microbiologique de l’eau de mer dans un système maricole situé dans une zone côtière méditerranéenne (mer Ionienne septentrionale, Italie). Nous avons fourni, pour la première fois, un inventaire microbien fondé sur des méthodes traditionnelles fondées sur la culture, intégré à l’approche du métabarcodage des gènes rARN 16S pour l’identification des vibrios et les analyses de la diversité, et mis en œuvre avec les données de profilage métabolique microbienne obtenues à partir du système BioLog EcoPlate. Les indicateurs microbiologiques de pollution, la diversité des vibrios et le métabolisme microbien ont été déterminés à deux reprises de l’année (juillet et décembre). Tous les paramètres microbiens mesurés en juillet ont sensiblement augmenté par rapport à ceux mesurés en décembre. La présence de vibrios potentiellement pathogènes est examinée en ce qui concerne le risque de maladies des poissons et d’infections humaines. Ainsi, l’inventaire microbien proposé ici pourrait représenter une nouvelle approche multiparamétrique pour la surveillance appropriée de la qualité microbienne dans un système maricole. Par conséquent, elle pourrait être utile pour garantir la sécurité tant des espèces élevées que des consommateurs à la lumière d’une gestion aquacole durable et respectueuse de l’environnement.