Ligesom enhver økonomisk aktivitet har akvakultur en indvirkning på miljøet. Dette afhænger af kvaliteten af forvaltningen af aktiviteten, lokalitetens egnethed og produktionssystemet. Når akvakultur forvaltes korrekt, kan den også være en metode til proteinproduktion med et lavere CO2- og miljøaftryk end andre typer landbrug. Desuden kan visse former for akvakultur (f.eks. opdræt af bløddyr, akvakultur i damme og vådområder og opdræt af alger og andre hvirvelløse dyr), når de forvaltes hensigtsmæssigt, tilbyde mange økosystemtjenester. Disse tjenester omfatter absorption af overskydende næringsstoffer og organisk materiale fra miljøet eller bevarelse og genopretning af økosystemer og biodiversitet.

EU's miljølovgivning og national gennemførelseslovgivning har fastsat de lovgivningsmæssige rammer for EU's akvakultur, der sikrer afbødning af den indvirkning, som akvakulturaktiviteter kan have på miljøet (hvad enten det drejer sig om CO2-fodaftryk, spildevand, affald eller andre indvirkninger på hav- og ferskvandsøkosystemer), og at akvakulturaktiviteter ikke i væsentlig grad skader økosystemer eller biodiversitet.

EU's akvakultursektors miljøpræstationer kan ikke desto mindre forbedres yderligere ved at: i) sikre, at miljølovgivningen anvendes fuldt ud, og at dens mål opfyldes II) yderligere afbødning af virkningerne af akvakultur og iii) fremme akvakultur med lavere miljøpåvirkning og akvakultur, der leverer økosystemtjenester.

De strategiske retningslinjer for en mere bæredygtig og konkurrencedygtig akvakultur i EU for perioden 2021-2030 har til formål at forbedre akvakultursektorens miljøpræstationer ved yderligere at begrænse virkningerne af akvakultur samt fremme de typer akvakultur, der er mest gavnlige for miljøet og klimaet, såsom lavtrofisk akvakultur og økologisk akvakultur.

Akvakultur kræver god vandkvalitet for at sikre optimal sundhed og velfærd for akvatiske dyr og et akvakulturbrugs rentabilitet. Derfor er EU-medlemsstaternes bekæmpelse af vandforurening i overensstemmelse med ambitionen om nulforurening, der er fastsat i den europæiske grønne pagt, af særlig betydning for akvakultur.

Akvakulturproducenterne skal have tilladelse til at bruge havvand eller ferskvand til akvakulturbruget. Når vandet føres tilbage til miljøet, må det ikke forringe vandmiljøet. Udledninger fra EU's akvakulturanlæg skal opfylde EU's strenge vandkvalitetsstandarder samt strenge nationale, regionale og lokale bestemmelser.

Visse former for akvakultur såsom opdræt af bløddyr og opdræt af alger og andre hvirvelløse dyr kan, når de forvaltes hensigtsmæssigt, forbedre vandkvaliteten som følge af optagelsen af overskydende næringsstoffer og organisk materiale fra miljøet.

Recirkulerende akvakultursystemer (RAS) er landbaserede akvakulturanlæg — enten udendørs eller indendørs — der minimerer vandforbruget ved at filtrere, justere og genbruge vandet.

Sammenlignet med traditionel dambrug eller akvakultur med åbent vand gør recirkulationsprocessen i RAS det muligt at kontrollere dyrkningsforholdene og indsamle affald. Landbaseret akvakultur undgår desuden undslipning og begrænser ekstern overførsel af sygdomme og parasitter. RAS giver løfte om en mere bæredygtig fødevareproduktion med et lavere forbrug af ferskvand og kortere transportafstande, da fisk kan dyrkes tættere på markederne. Ved at kontrollere dyrkningsforholdene kan akvakulturproduktionen i et RAS-anlæg etableres næsten overalt, uanset de lokale forhold. Ved at flytte produktionen over land kan det også afbøde manglen på plads og konkurrencen om adgang til havområder.

På den anden side er der en tendens til, at en RAS-facilitet er energiintensiv og dyr. Investeringsomkostningerne er høje, og recirkulationsteknologien forbruger store mængder energi og kræver, at den kontrolleres og forvaltes af en kvalificeret arbejdsstyrke. Desuden skal teknologien stadig bevise, at den er levedygtig i forbindelse med storstilet produktion, navnlig hvad angår saltvandsmiljøer.

Foder til opdrættede fisk skal indeholde vigtige niveauer (35-50 %) af stærkt fordøjelige proteiner og høj energi gennem fedtstoffer af høj kvalitet for at opretholde deres aktivitet og vækst. De råvarer, der er til rådighed til fremstilling af denne form for akvakultur, har tre hovedoprindelser:

vegetabilske biprodukter af hvede, soja og majs.

II) fiskemel og fiskeolie fra fisk og marine krebsdyr, selv om deres andel af foderet er faldende.

III) I nogle tilfælde også biprodukter fra sektoren for produktion af landdyr, som er meget næringsrige.

I dag fremmes bæredygtige fodringssystemer, der begrænser afhængigheden af fiskemel og fiskeolie fra vilde bestande til fødevareproduktion, f.eks. ved at tilskynde til anvendelse af alternative proteiningredienser såsom alger eller insekter eller affald fra andre industrier. Dette afspejles også i de strategiske retningslinjer for en mere bæredygtig og konkurrencedygtig akvakultur i EU i perioden 2021-2030.

I henhold til Europa-Parlamentets og Rådets forordning (EU) 2018/848 af 30. maj 2018 om økologisk produktion og mærkning af økologiske produkter (https://eur-lex.europa.eu/legal-content/EN/TXT/?uri=CELEX%3A32018R0848) er økologisk produktion et overordnet system for bedriftsforvaltning og fødevareproduktion, der kombinerer bedste praksis på miljø- og klimaområdet, et højt niveau af biodiversitet, bevarelse af naturressourcer og anvendelse af høje dyrevelfærdsstandarder og høje produktionsstandarder i overensstemmelse med et stigende antal forbrugeres efterspørgsel efter produkter, der er fremstillet ved hjælp af naturlige stoffer og processer. Denne forordning indeholder sammen med visse relevante sekundære retsakter detaljerede produktionsregler for økologisk akvakultur, som omfatter miljøkrav, overholdelse af en periode for omlægning til økologisk produktion, ernæring, dyrevelfærd, sundhedspleje og opdrætskrav med detaljerede maksimale belægningsgrader for arter og strenge begrænsninger for anvendelse af eksternt input, bl.a. om dyrlægebehandlinger.

For at kunne anvende EU-logoet for økologiske produkter og anføre "økologisk" på mærkningen af deres produkter skal de økologiske erhvervsdrivende certificeres af et kontrolorgan, der er godkendt af de kompetente myndigheder, og som attesterer, at deres aktiviteter udføres i overensstemmelse med EU's økologiforordning.

Yderligere oplysninger om EU's certificeringsordning for økologiske produkter og håndhævelsen heraf findes på Kommissionens websted:

Økologisk landbrug (https://agriculture.ec.europa.eu/farming/organic-farming_en). Desuden findes der et dokument med ofte stillede spørgsmål om bestemmelser om økologisk produktion, herunder et kapitel om økologisk akvakultur, her: https://agriculture.ec.europa.eu/system/files/2022-09/organic-rules-faq….