Akvakultur kræver god vandkvalitet for at sikre optimal sundhed og velfærd for akvatiske dyr og et akvakulturbrugs rentabilitet. Derfor er EU-medlemsstaternes bekæmpelse af vandforurening i overensstemmelse med ambitionen om nulforurening, der er fastsat i den europæiske grønne pagt, af særlig betydning for akvakultur.
Akvakulturproducenterne skal have tilladelse til at bruge havvand eller ferskvand til akvakulturbruget. Når vandet føres tilbage til miljøet, må det ikke forringe vandmiljøet. Udledninger fra EU's akvakulturanlæg skal opfylde EU's strenge vandkvalitetsstandarder samt strenge nationale, regionale og lokale bestemmelser.
Visse former for akvakultur såsom opdræt af bløddyr og opdræt af alger og andre hvirvelløse dyr kan, når de forvaltes hensigtsmæssigt, forbedre vandkvaliteten som følge af optagelsen af overskydende næringsstoffer og organisk materiale fra miljøet.