A aquicultura exige uma boa qualidade da água para garantir a saúde e o bem-estar ótimos dos animais aquáticos e a rentabilidade de uma exploração aquática. Por conseguinte, a luta contra a poluição da água pelos Estados-Membros da UE, em consonância com a ambição de «poluição zero» definida no Pacto Ecológico Europeu, é particularmente importante para a aquicultura.
Os produtores aquícolas necessitam de autorização antes de utilizarem água do mar ou água doce para a exploração. Quando regressam ao ambiente, o estado da massa de água não deve deteriorar-se. As descargas das instalações aquícolas da UE devem cumprir normas rigorosas da UE em matéria de qualidade da água, bem como regulamentações nacionais, regionais e locais rigorosas.
Certas formas de aquicultura, como a exploração de moluscos e a criação de algas e outros invertebrados, quando geridas de forma adequada, podem melhorar a qualidade da água devido à absorção do excesso de nutrientes e de matéria orgânica do ambiente.