Za akvakulturu je potrebna dobra kvaliteta vode kako bi se osiguralo optimalno zdravlje i dobrobit akvatičnih životinja te profitabilnost vodenog uzgajališta. Stoga je borba protiv onečišćenja vode u državama članicama EU-a, u skladu s ciljem nulte stope onečišćenja definiranim u europskom zelenom planu, posebno važna za akvakulturu.
Proizvođačima u akvakulturi potrebno je odobrenje prije upotrebe morske vode ili slatke vode za uzgajalište. Kad ga vrate u okoliš, stanje vodnog tijela ne smije se pogoršati. Ispuštanja iz objekata akvakulture EU-a moraju ispunjavati stroge standarde EU-a za kvalitetu vode te stroge nacionalne, regionalne i lokalne propise.
Određeni oblici akvakulture, kao što su uzgoj mekušaca i uzgoj algi i drugih beskralježnjaka, ako se njima primjereno upravlja, mogu poboljšati kvalitetu vode zbog apsorpcije viška hranjivih tvari i organskih tvari iz okoliša.