Akwakultura wymaga dobrej jakości wody, aby zapewnić optymalne zdrowie i dobrostan zwierząt wodnych oraz rentowność gospodarstwa wodnego. W związku z tym walka z zanieczyszczeniem wody przez państwa członkowskie UE, zgodnie z ambitnym celem „zero zanieczyszczeń” określonym w Europejskim Zielonym Ładzie, ma szczególne znaczenie dla akwakultury.
Producenci akwakultury potrzebują zezwolenia przed wykorzystaniem wody morskiej lub słodkiej w gospodarstwie. Po powrocie do środowiska stan jednolitej części wód nie może ulec pogorszeniu. Zrzuty z zakładów akwakultury w UE muszą spełniać rygorystyczne unijne normy jakości wody, a także rygorystyczne przepisy krajowe, regionalne i lokalne.
Niektóre formy akwakultury, takie jak hodowla mięczaków oraz hodowla alg i innych bezkręgowców, jeżeli są odpowiednio zarządzane, mogą poprawić jakość wody ze względu na wchłanianie nadmiaru składników odżywczych i materii organicznej ze środowiska.