Аквакултурите изискват добро качество на водата, за да се гарантира оптимално здраве и хуманно отношение към водните животни, както и рентабилността на водното стопанство. Поради това борбата със замърсяването на водите от страна на държавите — членки на ЕС, в съответствие с амбицията за „нулево замърсяване“, определена в Европейския зелен пакт, е от особено значение за аквакултурите.
Преди да използват морска или прясна вода за стопанството си, производителите на аквакултури трябва да имат съответното разрешение. Когато върнат водата в околната среда, състоянието на водното тяло не трябва да се влошава. Заустванията от съоръженията за аквакултури в ЕС трябва да отговарят на строгите стандарти на ЕС за качество на водите, както и на строгите национални, регионални и местни разпоредби.
Някои форми на аквакултура, като например отглеждането на мекотели и отглеждането на водорасли и други безгръбначни, когато се управляват по подходящ начин, могат да подобрят качеството на водата поради абсорбирането на излишни хранителни вещества и органични вещества от околната среда.