L-akkwakultura teħtieġ kwalità tajba tal-ilma biex tiżgura l-aħjar saħħa u benessri tal-annimali akkwatiċi u l-profittabbiltà ta’ farm akkwatiku. Għalhekk, il-ġlieda kontra t-tniġġis tal-ilma mill-Istati Membri tal-UE, f’konformità mal-ambizzjoni ta’ “tniġġis żero” definita fil-Patt Ekoloġiku Ewropew, hija ta’ importanza partikolari għall-akkwakultura.
Il-produtturi tal-akkwakultura jeħtieġu awtorizzazzjoni qabel ma jużaw l-ilma baħar jew l-ilma ħelu għar-razzett. Meta jirritornaw fl-ambjent, l-istat tal-korp tal-ilma ma jridx jiddeterjora. L-iskariki mill-faċilitajiet tal-akkwakultura tal-UE jridu jissodisfaw l-istandards rigorużi tal-kwalità tal-ilma tal-UE kif ukoll regolamenti nazzjonali, reġjonali u lokali stretti.
Ċerti forom ta’ akkwakultura bħat-trobbija tal-molluski u t-trobbija ta’ alka u invertebrati oħra, meta ġestiti kif xieraq, jistgħu jtejbu l-kwalità tal-ilma minħabba l-assorbiment ta’ nutrijenti żejda u materja organika mill-ambjent.