Die Aquakultur erfordert eine gute Wasserqualität, um eine optimale Gesundheit und ein optimales Wohlergehen von Wassertieren sowie die Rentabilität eines Aquakulturbetriebs zu gewährleisten. Daher ist die Bekämpfung der Wasserverschmutzung durch die EU-Mitgliedstaaten im Einklang mit dem im europäischen Grünen Deal festgelegten Null-Schadstoff-Ziel für die Aquakultur von besonderer Bedeutung.
Aquakulturerzeuger benötigen eine Genehmigung, bevor sie Meer- oder Süßwasser für den Betrieb nutzen. Bei der Rückführung in die Umwelt darf sich der Zustand des Wasserkörpers nicht verschlechtern. Einleitungen aus Aquakulturanlagen in der EU müssen den strengen EU-Standards für die Wasserqualität sowie strengen nationalen, regionalen und lokalen Vorschriften entsprechen.
Bestimmte Formen der Aquakultur wie Weichtierzucht und die Zucht von Algen und anderen Wirbellosen können, wenn sie angemessen bewirtschaftet werden, die Wasserqualität aufgrund der Aufnahme überschüssiger Nährstoffe und organischer Stoffe aus der Umwelt verbessern.