Akvakultura zahteva dobro kakovost vode, da se zagotovita optimalno zdravje in dobrobit vodnih živali ter donosnost vodne ribogojnice. Zato je boj proti onesnaževanju voda v državah članicah EU v skladu s ciljem ničelnega onesnaževanja, opredeljenim v evropskem zelenem dogovoru, še posebej pomemben za akvakulturo.
Proizvajalci v akvakulturi potrebujejo dovoljenje, preden uporabijo morsko ali sladko vodo za ribogojnico. Ko ga vrnejo v okolje, se stanje vodnega telesa ne sme poslabšati. Izpusti iz ribogojskih objektov EU morajo izpolnjevati stroge standarde EU za kakovost vode ter stroge nacionalne, regionalne in lokalne predpise.
Nekatere oblike ribogojstva, kot sta gojenje mehkužcev ter gojenje alg in drugih nevretenčarjev, lahko ob ustreznem upravljanju izboljšajo kakovost vode zaradi absorpcije presežnih hranil in organskih snovi iz okolja.