Acvacultura necesită o bună calitate a apei pentru a asigura sănătatea și bunăstarea optimă a animalelor acvatice, precum și rentabilitatea unei ferme acvatice. Prin urmare, combaterea poluării apei de către statele membre ale UE, în conformitate cu obiectivul ambițios de reducere la zero a poluării definit în Pactul verde european, este deosebit de importantă pentru acvacultură.
Producătorii din domeniul acvaculturii au nevoie de autorizație înainte de a utiliza apă de mare sau apă dulce pentru fermă. Atunci când sunt readuse în mediu, starea corpului de apă nu trebuie să se deterioreze. Evacuările din instalațiile de acvacultură din UE trebuie să respecte standardele riguroase ale UE privind calitatea apei, precum și reglementările naționale, regionale și locale stricte.
Anumite forme de acvacultură, cum ar fi creșterea moluștelor și creșterea algelor și a altor nevertebrate, atunci când sunt gestionate în mod corespunzător, pot îmbunătăți calitatea apei datorită absorbției excesului de nutrienți și a materiei organice din mediu.