Akvakultura vyžaduje dobrou kvalitu vody, aby se zajistilo optimální zdraví a dobré životní podmínky vodních živočichů a ziskovost vodního hospodářství. Boj proti znečištění vod ze strany členských států EU má proto v souladu s ambicí nulového znečištění stanovenou v Zelené dohodě pro Evropu zvláštní význam pro akvakulturu.
Producenti akvakultury potřebují před tím, než pro hospodářství použijí mořskou nebo sladkou vodu, oprávnění. Při návratu do životního prostředí se stav vodního útvaru nesmí zhoršit. Vypouštění z akvakulturních zařízení EU musí splňovat přísné normy EU pro kvalitu vody a přísné vnitrostátní, regionální a místní předpisy.
Určité formy akvakultury, jako je chov měkkýšů a chov řas a jiných bezobratlých, mohou při vhodném řízení zlepšit kvalitu vody díky absorpci přebytečných živin a organické hmoty z životního prostředí.