Η υδατοκαλλιέργεια απαιτεί καλή ποιότητα νερού για τη διασφάλιση της βέλτιστης υγείας και καλής διαβίωσης των υδρόβιων ζώων και της κερδοφορίας μιας υδάτινης εκμετάλλευσης. Ως εκ τούτου, η καταπολέμηση της ρύπανσης των υδάτων από τα κράτη μέλη της ΕΕ, σύμφωνα με τη φιλοδοξία «μηδενικής ρύπανσης» που ορίζεται στην Ευρωπαϊκή Πράσινη Συμφωνία, έχει ιδιαίτερη σημασία για την υδατοκαλλιέργεια.
Οι παραγωγοί προϊόντων υδατοκαλλιέργειας χρειάζονται άδεια προτού χρησιμοποιήσουν το θαλάσσιο ή το γλυκό νερό στη μονάδα τους. Όταν επιστρέφουν το νερό στο περιβάλλον, η κατάσταση του υδατικού συστήματος δεν πρέπει να επιδεινώνεται. Οι απορρίψεις από τις εγκαταστάσεις υδατοκαλλιέργειας της ΕΕ πρέπει να πληρούν τα αυστηρά πρότυπα ποιότητας των υδάτων της ΕΕ, καθώς και τους αυστηρούς εθνικούς, περιφερειακούς και τοπικούς κανονισμούς.
Ορισμένες μορφές υδατοκαλλιέργειας, όπως η καλλιέργεια μαλακίων και η καλλιέργεια φυκών και άλλων ασπόνδυλων, όταν τυγχάνουν κατάλληλης διαχείρισης, μπορούν να βελτιώσουν την ποιότητα των υδάτων λόγω της απορρόφησης υπερβολικών θρεπτικών ουσιών και οργανικών υλών από το περιβάλλον.