Aquacultuur vereist een goede waterkwaliteit om een optimale gezondheid en een optimaal welzijn van waterdieren en de rentabiliteit van een aquatische kwekerij te waarborgen. Daarom is de bestrijding van waterverontreiniging door de EU-lidstaten, in overeenstemming met de ambitie van de Europese Green Deal om alle verontreiniging tot nul terug te brengen, van bijzonder belang voor de aquacultuur.
Aquacultuurproducenten hebben een vergunning nodig voordat zij zee- of zoetwater gebruiken voor het bedrijf. Wanneer het water weer in het milieu terechtkomt, mag de toestand van het waterlichaam niet verslechteren. Lozingen van aquacultuurvoorzieningen in de EU moeten voldoen aan de strenge waterkwaliteitsnormen van de EU en aan strenge nationale, regionale en lokale regelgeving.
Bepaalde vormen van aquacultuur, zoals de kweek van weekdieren en de kweek van algen en andere ongewervelde dieren, kunnen, mits adequaat beheerd, de waterkwaliteit verbeteren door de absorptie van overtollige nutriënten en organisch materiaal uit het milieu.