Akvakultúra si vyžaduje dobrú kvalitu vody, aby sa zabezpečilo optimálne zdravie a dobré životné podmienky vodných živočíchov a ziskovosť vodnej farmy. Boj proti znečisťovaniu vody zo strany členských štátov EÚ v súlade s ambíciou nulového znečistenia vymedzenou v Európskej zelenej dohode má preto osobitný význam pre akvakultúru.
Výrobcovia v oblasti akvakultúry potrebujú pred použitím morskej vody alebo sladkej vody na farme povolenie. Keď sa vracajú do životného prostredia, stav vodného útvaru sa nesmie zhoršiť. Vypúšťanie z akvakultúrnych zariadení EÚ musí spĺňať prísne normy EÚ v oblasti kvality vody, ako aj prísne vnútroštátne, regionálne a miestne predpisy.
Určité formy akvakultúry, ako je chov mäkkýšov a chov rias a iných bezstavovcov, ak sú primerane riadené, môžu zlepšiť kvalitu vody v dôsledku absorpcie nadmerných živín a organickej hmoty zo životného prostredia.