Vesiviljely edellyttää hyvää veden laatua vesieläinten optimaalisen terveyden ja hyvinvoinnin sekä vesiviljelylaitoksen kannattavuuden varmistamiseksi. Sen vuoksi vesiviljelyn kannalta on erityisen tärkeää, että EU:n jäsenvaltiot torjuvat veden pilaantumista Euroopan vihreän kehityksen ohjelmassa määritellyn saasteettomuustavoitteen mukaisesti.
Vesiviljelyn tuottajat tarvitsevat luvan ennen kuin ne käyttävät viljelylaitoksessa merivettä tai makeaa vettä. Kun vesimuodostuma palaa ympäristöön, vesimuodostuman tila ei saa huonontua. EU:n vesiviljelylaitoksista peräisin olevien päästöjen on täytettävä EU:n tiukat vedenlaatunormit sekä tiukat kansalliset, alueelliset ja paikalliset säännökset.
Tietyillä vesiviljelymuodoilla, kuten nilviäisten viljelyllä sekä levien ja muiden selkärangattomien viljelyllä, voidaan asianmukaisesti hoidettuina parantaa veden laatua liiallisten ravinteiden ja orgaanisen aineksen imeytyessä ympäristöstä.