La acuicultura requiere una buena calidad del agua para garantizar una salud y un bienestar óptimos de los animales acuáticos y la rentabilidad de una explotación acuática. Por lo tanto, la lucha contra la contaminación del agua por parte de los Estados miembros de la UE, en consonancia con el objetivo de «contaminación cero» definido en el Pacto Verde Europeo, reviste especial importancia para la acuicultura.
Los productores acuícolas necesitan autorización antes de utilizar agua de mar o agua dulce para la explotación. Cuando vuelven al medio ambiente, el estado de la masa de agua no debe deteriorarse. Los vertidos procedentes de instalaciones acuícolas de la UE deben cumplir las estrictas normas de calidad del agua de la UE, así como las estrictas normativas nacionales, regionales y locales.
Determinadas formas de acuicultura, como la cría de moluscos y la cría de algas y otros invertebrados, cuando se gestionan adecuadamente, pueden mejorar la calidad del agua debido a la absorción del exceso de nutrientes y materia orgánica del medio ambiente.